Der Rotklee enthält sehr viele Isoflavone  (Phytoöstrogene), Sie haben auch antimikrobielle, antioxidative und entzündungshemmende Eigenschaften, sie sollen hormonbedingten Krebsentstehungen entgegenwirken und die Cholesterinwerte senken.

Weil Isoflavone im Körper eine schwach östrogene Wirkung aufweisen, werden sie in den Wechseljahren alternativ zur Hormonersatztherapie eingesetzt. Sie besetzen die gleichen Andockstellen der Zellen wie die Östrogene. In den Wechseljahren sinkt der Hormonspiegel wodurch unangenehme Symptome wie Hitzewallungen, Schweißausbrüche, Schlafstörungen und Gereiztheit begründet sind, jedoch auch Herz-Kreislauferkrankungen, Osteoporose und Krebserkrankungen sind Folgeerkrankungen. Der Einsatz von Isoflavonen bewirkt  einen Ausgleich der körpereigenen Hormondefizite und hat deshalb keine Nebenwirkungen. Durch die Hormonersatztherapie kann hingegen durch zu hohen Hormongehalt das Risiko an Brustkrebs, Thrombosen, Schlaganfall oder Herzinfarkt zu erkranken ansteigen. Inzwischen warnen Fachgesellschaften vor der ungeprüften Gabe von Hormonpräparaten über einen längeren Zeitraum. Doch auch viele Frauen lehnen die Hormonersatztherapie ab.

Mit Rotkleeextrakten können Wechseljahrsbeschwerden bei sehr guter Verträglichkeit erfolgreich behandelt werden. Es gibt sogar Vermutungen, dass ihre Einnahme Wirksamkeit besser ist als bei Soja-Isoflavonen, da der Rotklee mehr unterschiedliche Phytoöstrogene enthält. Rotklee beinhaltet eine höhere Konzentration an Genistein und Daidzein als Soja und zusätzlich noch Biochanin A und Formononetin.